با توجه به ايجاد گمرک تجاري مستقر در پايانه، انجام امور گمرکي کالاهاي ارسالي در پايانه امکانپذير مي باشد تجهيز پايانه بار فرودگاه شهيد بهشتي اصفهان به پنجره واحد(اداره استاندارد،غذا و دارو، صنايع و معادن، دامپزشکي، قرنطينه گياهي و …) سبب ايجاد تسهيلات ويژه جهت اخذ مجوزهاي لازم جهت صادرات و نيز واردات خواهد گرديد.